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おおまかなストーリーの流れ。
あまり詳しくはありませんが、攻略の参考にどうぞ。

マークの意味 ：
[PT加入] ・・・仲間加入 / [PT離脱] ・・・仲間離脱 / [重要アイテム] ・・・重要アイテム
（1）エクスペル → （2）ネーデ
【00】オープニング
■クロード編
惑星ミロキニア探索中、惑星エクスペルへ飛ばされる
■レナ編
アーリア村から神護の森に移動
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【01】神護の森
クロードとレナの出会い
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【02】アーリア村
長老レジスの話（ソーサリーグローブについて）
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【03】一夜明けて
■クロード編
サルバで情報収集し、アーリア村に戻る
■レナ編
アレン来襲〜サルバへ拉致される
主人公ごとの視点で見る別行動パート。
クロードがサルバに行っている間にレナが連れ去られる。
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【04】サルバ坑道
もう1人の主人公と合流してアレンと戦闘
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坑道から脱出してアーリアへ
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【05】アーリア村
ソーサリーグローブの調査に出発
[PT加入] クロード or レナ
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【06】クロス城
クロス王に謁見
[重要アイテム] 通行許可証
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城から出ると、騒動に巻き込まれる
[PT加入] セリーヌ
[重要アイテム] 宝の地図
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【07】クロス洞穴
古文書発見
[重要アイテム] 古文書
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洞穴の入口まで戻る
[PT離脱] セリーヌ（一緒に行かない選択をした場合のみ）
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【08】港町クリク
船に乗るため港町クリクへ
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クリク崩壊
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【09】クロス城
クロス王に謁見
ラクール経由でエル大陸に渡ることに
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【10】マーズ村
山賊が村の子供たちを誘拐
ディアスとの出会い
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子供の救出作戦に参加決定
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【11】紋章の森
■クロード編
セリーヌと一緒に森へ
[PT加入] セリーヌ（クロス洞穴で仲間にしなかった場合）
■レナ編
ディアスと一緒に森へ
[PT加入] ディアス
主人公ごとの視点で見る別行動パート。別々に救出作戦に参加する。
クロード編でセリーヌを仲間にしていない場合は、事件解決までの間一時加入する。
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事件解決
[PT離脱] セリーヌ（クロード編でクロス洞穴で仲間にしなかった場合のみ）
[PT離脱] ディアス（レナ編のみ）
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【--】ハーリー
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 [PT加入] アシュトン
町の入口の2人連れに話しかけて双頭の龍の話を聞くと、サルバ坑道のこれまで入れなかった場所に入れるようになる。
アシュトンを仲間にしたければ、サルバへ戻ること。
（武具大会出場登録前まで。早い方が良い。⇒詳細）
船に乗り、ヒルトンへ
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【12】ラクール城
武具大会に出場登録
[重要アイテム] 武具大会参加バッジ
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■クロード編
武具大会に出場（自分で操作）
■レナ編
ディアスと再会する。クロードが武具大会出場（オート戦闘）
武具大会の準備から終了までは主人公ごとの視点で見る別行動パートになる。
大会が終了してから街を出るまでの間のみギャムジーから入手できるシャープエッジは、期間限定の超貴重品。忘れずに入手を！
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【--】ヒルトン
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 [PT加入] オペラ
クロスで三つ目の男と会うPAを見ていれば、武具大会終了後、ヒルトンの酒場にオペラが居る。話しかけるとオペラを仲間にするイベントが進む。
オペラを仲間にしないなら、この時点でヒルトンに用はない。（⇒詳細）
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【13】リンガ
ボーマンにキースへの仲介を依頼
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 [PT加入] プリシス
リンガでPAを起してプリシスと会い、最後の選択肢で「わかった」を選ぶと仲間にできる。
（プリシスを仲間にするとボーマンは仲間にできないので注意。）
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【14】リンガの聖地
希少価値のある薬草を探す
[重要アイテム] クラリセージ or ディルウィップ
クラリセージとディルウィップは、どちらか片方しか入手できない。
ディルウィップの方が希少性が高いが、どちらを持ち帰ってもボーマンの反応が少し異なる程度でストーリーに大きな影響はない。
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【15】リンガ
キースに古文書の解読を依頼
[PT加入] ボーマン（プリシスを仲間にしていない時）
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【16】ラクール城
モンスターの来襲
ラクール市民が城内へ避難
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新兵器製造を手伝うことに
[PT加入] レオン
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ヒルトンから船でホフマン遺跡へ
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【17】ホフマン遺跡
[重要アイテム] エナジーストーン
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 [PT加入] エルネスト
ここまでにいくつかの条件を満たしていれば、エナジーストーン入手後、遺跡を出たところでエルネストを仲間にするイベントが起こる。（⇒詳細）
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【18】ラクール城
前線基地へ向かうよう要請される
[PT離脱] レオン
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【19】前線基地
ディアスと再会
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 [PT加入] ディアス（レナ編のみ）
再会後、追いかけて話しかけると仲間に誘える。
モンスターの来襲
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【20】エルリアへ
完成したラクールホープを積んだ船でエル大陸に向かう
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モンスターとの戦闘で船が沈没
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ばらばらにエル大陸に漂着
漂着までに仲間とはぐれ、クロードとレナも別行動となる。
漂着時に居ない仲間とはエルリア集落で合流できる。
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 [PT加入] レオン（クロード編のみ）
クロード編ではレオンが近くに流れ着いており、仲間に誘うことができる。
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【21】エルリア集落
仲間と合流
[重要アイテム] IDカード（エルリアタワーに入るのに必要）
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【22】エルリアタワー
[重要アイテム] カードキー
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タワーの途中でカルナスへの転送イベント発生
■クロード編
一旦戦艦カルナスに戻る
■レナ編
タワーでクロードを待つ
主人公ごとの視点で見る別行動パートは、ここが最後。
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十賢者たちとの対面
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エクスペル崩壊。そして、ネーデへ…